《普罗米修斯3》故事发生在地球与外星人战争爆发后的未∴。人类科学家维持着一段外星技术合作，但当地球即将陷入毁灭边缘时，他们决定寻找神秘的普罗米修斯石头来拯救人类。经过危险旅程抵达异星球后，科学家们陷入另一个巨大的阴谋中：原来普罗米修斯石头并非伟大力量源泉而是超强武器。为了避免毁灭整个宇宙，他们必须阻止这项技术落入恶势力手中，并冒着生命危险完成任务。