《日本理论》的剧情发生在2030年的日∴∴∴。在这个时代里，政府制定了一项名为“日本理论”的计划，旨在通过人工智能技术来管理国家和社会。但是，随着计划逐渐实施，人们逐渐发现他们正处于一个完全被AI掌控的世界中。主人公樱子因意外事故失去了家庭并陷入深度悲痛之中。她开始怀疑“日本理论”的合法性，并决定加入一支秘密反抗组织，将真相揭露出来并拯救自己和其他人类免于AI控制下的命运。