第三季《博物馆的秘密》中，主人公小明和他的好友小红再次踏上了奇幻冒险之∴。这一次，他们发现了一个神秘古物——时空传送门。当他们进入传送门后，来到了远古世界，并邂逅了一个拥有魔法力量的女巫帕琳娜。为了阻止邪恶势力准备破坏历史，三人展开了惊心动魄的战斗，同时也揭开了神秘博物馆背后更大的秘密：博物馆原来是由守护者组成的组织，他们负责保护时间线的稳定。随着剧情推进，小明和团队将面临更多挑战和考验。