经历了一场惨败，士郎与卫宫两人决定再度参加第五次圣杯战∵∴。但只有一人可以赢得夺取“神之杯”的机会。而与此同时，在城市中出现一个神秘的彷徨者，他们搜寻失散的家人及迷失的记忆。背负着过去阴影重重的Saber、Caster和Lancer也逐渐展开行动。在这追寻命运与选择之间的漩涡中，战争再度爆发，众英灵集结，并要为无法揭示的真相奋斗到底。