柯南和几个小侦探朋友参观一家科技展览时，突然发生了骇人的事∴∴。大怪兽哥美拉从地底出现，并开始肆虐城市。与此同时，假面超人登场，打算保护城市安全。柯南很快发现这只哥美拉其实是机器人，而背后操控者正是一个腐败企业的老板。在众人合力下，假面超人和柯南揭开真相并成功击败了敌人，营救被困的居民。最后，两位英雄决定团结起来继续保护世界的和平与安全。