《监狱学园》是讲述一所名为“监狱学园”的特殊学校，一个由天才少年组成的神秘组织支配了整个校 ∷。主人公某日突然被错认为他们之一，并被强行招入组织。普通高中生恐慌间必须学习适应这个前所未有的环境，解开存在于组织背后的谜题并保护自己的同伴。与各种超能力对抗，通过斗争和努力揭示他们身世真相以及发掘内心深处隐藏的潜能。同时也培养友情、勇气、正义等感动全人类类型价值观的故事。