《日本理论》讲述了黑社会老大野村和退休教师兼作家山根合谋绑架通缉犯欧阳，并将其关押在山中的荒屋内，以期与其展开心灵上的对□□□。随着时间的推移，三人之间逐渐发展出一种特殊的情感纠葛，同时多个意外事件也重叠而来，令剧情更加扑朔迷离。身份、罪恶、兄弟情、复仇等主题交织其中，观众在解谜之余也将思考人性和正义的辩证关系。